Pregunta: Bases de datos de bioinformática Se encontró que la siguiente transcripción era abundante en la muestra de sangre de un paciente humano.

Bases de datos de bioinformática

Se encontró que la siguiente transcripción era abundante en la muestra de sangre de un paciente humano.

ATGGTGCATCTGACTCCTGTGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATGCAGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTC AAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCCACAAGTATCACTAAGCTCGCTTTCTTGCTGTCCAATTT

La única información que recibe es la secuencia anterior, por lo que debe comenzar su investigación con una búsqueda de secuencia; para este ejemplo, utilizaremos el servicio BLAST de NCBI en: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

Tenga en cuenta que hay varios programas "BLAST básicos" diferentes disponibles en NCBI (incluidos BLAST de nucleótidos, BLAST de proteínas y BLASTx).

P1: ¿Qué programa BLAST deberíamos usar en este caso? [SUGERENCIA, qué tipo de secuencia se le proporciona]

P2: ¿Cuáles son los nombres y números de acceso de los cuatro primeros resultados de su búsqueda BLAST?

P3: ¿Cuáles son los porcentajes de identidades para los primeros resultados?

P4: ¿Cuántos nucleótidos idénticos y no idénticos hay en su acierto principal en comparación con su último acierto informado?

A partir de los resultados de su búsqueda BLAST, puede vincular a la entrada GENE para uno de sus principales resultados. Este enlace se encuentra debajo del encabezado "Información relacionada" en el lado derecho de cada alineación mostrada (es decir, desplácese hacia abajo hasta la sección "Alineaciones").

P5: ¿Cuál es el "símbolo oficial" y el "nombre completo oficial" de este gen?

P6: ¿En qué cromosoma se encuentra este gen?

P7: ¿Cuáles son los nombres de los genes vecinos en este cromosoma?

P8: ¿Cuántos exones e intrones se anotan para este gen?

P9: ¿Cuál es la función de la proteína codificada?

P10: ¿Tiene la proteína un papel en la(s) enfermedad(es) humana(s)? Si es así, ¿qué enfermedades?